Ivan IV Julma (Moskva suurvürst 1533-1547; Vene tsaar 1547-1584) valitsusajal tugevnes järsult keskvõim. Opritšnina abil murti bojaaride ja osastisvürstide (kohalike vürstide) vastuseis. 1570. aastal korraldati ka julm karistusretk varem iseseisvasse Novgorodi ja Pihkvasse, surumaks maha vastupanu Moskva valitsemisele. Ent vastuolud tsaarivõimu ja bojaaride, samuti Moskva ning Novgorodi vahelt ei kadunud. Vallutuspoliitika Baltikumis viis Liivi sõjani, mille käigus lõi Venemaa lahinguid nii Rootsi kui ka Poolaga. Pingelised suhted mõlema naaberriigiga jäid aga püsima ka pärast rahulepingute sõlmimist. Uus sõda Rootsiga, mille käigus Moskva-Vene vallutas tagasi Ingerimaa ja nihutas piiri Narva jõele, peeti maha aastatel 1590-1595. Küpsemas oli konflikt Poola-Leedu riigiga (ühendatud riik, Rzeczpos-polita, loodi Lublini uniooniga aastal 1569).

Segadused tekkisid kõigepealt tsaarivõimu ümber. Kui Ivan IV 1584. aastal suri, sai troonile tema poeg Fjodor, kes vaimse seisundi tõttu polnud võimeline riiki juhtima. Loodi regentnõukogu, kuhu kuulusid ühelt poolt vana feodaalse kõrgaadli esindajad, teisalt aga Ivan IV aegsed uued riigimehed. Omavahelises võitluses tõusis liidripositsioonile Boriss Godunov, mees, kes oli abiellunud opritšnina ühe juhi Maljuta Skuratovi tütrega ja kuulus Ivan IV ajal esile kerkinud riigitegelaste hulka. Godunovi positsioone tugevdas Fjodori abielu tema õe Irinaga. Godunov õiendas julmalt arveid opositsiooniga: üks nende juhte pühitseti vägivaldselt mungaks, teine kägistati, kolmandad jäid peast ilma.

Ebaõnnestus ka kava panna Fjodori asemel troonile Ivan IV noorim poeg Dmitri. Viimasel ei olnud küll pärimisõigust, kuid ta kuulus valitsevasse dünastiasse ja oleks võinud olla vastukaaluks ohjeldamatu võimuihaga Boriss Godunovile kas või pärast Fjodorit. Ent 1591. aastal tuli Uglitšist Dmitri surmateade. Moskvas levis kuuldus, et Dmitri mõrvasid Godunovi agendid. Teise versiooni kohaselt tappis aga langetõbe põdev Dmitri end ise haigushoo ajal noaga mängides. Kui 1598. aastal suri tsaar Fjodor, oli lõppenud Rjurikovitšite (Rjuriku järglaste) dünastia.

Puhkenud võimuvõitluses olid eelised sisuliselt riiki valitseval Boriss Godunovil. Aastal 1598 kokku kutsutud Maakogu, milles osales umbes 500 meest, valis Boriss Godunovi Venemaa tsaariks. Sellise tulemuse tagas eeskätt lihtaadli toetus. Bojaaride suhtes jätkas Godunov Ivan IV poliitikat: mitu opositsiooniliidrit pühitseti vägivaldselt mungaks ja kõrvaldati sel moel poliitikast, paljud hukkusid vanglas või pagendati koos perekondadega, oli neidki, kellel keelati abiellumine ja seega seaduslike järglaste saamine. Uus tsaar toetas aga kõigiti tavalisi mõisnikke, kes tõstsid talupoegade andami (obroki) kahe- või isegi kolmekordseks. Rahva olukorda, eriti Põhja-Venemaal raskendas aastatel 1601-1603 suur näljahäda ja katk.

Rängas ja keerulises olukorras hakkasid levima kuuldused, nagu oleks tsareevitš surmast pääsenud. Ilmus isehakanu, kes on ajalukku läinud kui Vale-Dmitri I.

Vale-Dmitri Moskva-sõjakäigu ajal aprillis 1605 suri ootamatult tsaar Boriss Godunov. Sama aasta juunis sisenes Vale-Dmitri pidulikult Moskvasse ja asus tsaaritroonile. Tsareevitš Dmitri ema, kes vahepeal oli nunnaks pühitsetud, tunnistas isehakanu oma pojaks. Vale-Dmitri kutsus tagasi Godunovi ajal pagendatud bojaarid ja püüdis enda poole võita vene mõisnikke. Troonile tõusmise võlgnes Vale-Dmitri aga poolakatele, mistõttu Zygmunt III nõudis laialdaste Vene alade loovutamist Poolale. Kuid trooni säilitada tahtev tsaar ei saanud sellega nõustuda, samuti ei olnud tal võimalik täita katoliku kirikule jagatud lubadusi. Varsti pettusid temas Vene ühiskonna mitmesugused kihid, vastuolusid teravdas poolakate võimutsemine.

Mais 1606 puhkesid Moskvas rahutused, mille käigus Vale-Dmitri tapeti. Uueks tsaariks kuulutati ilma mingite valimisteta üks ülestõusu juhte vürst Vassili Šuiski, kes aga ei suutnud endale kindlustada piisavalt laiade kihtide toetust. Eriti ohtlikuks kujunes ulatuslikke alasid haaranud talurahvaliikumine Ivan Bolotnikovi juhtimisel (1606-1607), milles etendasid olulist osa kasakad. Rahutusi kasutasid Vene võimu vastu väljaastumiseks ära ka tatarlased, marid ja teised alistatud rahvad.

Tõsises olukorras pöördus Vassili Šuiski valitsus abipalvega Rootsi poole. Viimane oli huvitatud Vale-Dmitri II ja tema taga seisva Poola-Leedu tagasitõrjumisest, sest Venemaa langemisel Poola võimu alla oleks tekkinud suur slaavi riik, millele Rootsi poleks suutnud enam vastupanu osutada. Veebruaris 1609 allkirjastati leping, mille kohaselt pidid Rootsi väed abistama Moskva tsaari võitluses poolakate vastu. Seda ka tehti. Järgnevalt kasutasid rootslased ära Novgorodi separatistlikke meeleolusid ning Novgorodis moodustati Rootsi-Vene ühisvalitsus, kus kaks juhtivat kohta läks rootslastele, enamik aga novgorodlastele.

1610. aastal kukutasid aadlikud Zahhari Ljapunovi juhtimisel Vene troonilt tsaar Vassili Šuiski (ta suutmatuse tõttu seista vastu riigi vaenlastele) ja lasksid ta pühitseda mungaks. Peagi hõivasid poolakad Moskva, samal aastal tapsid aga Vale-Dmitri II teenistuses olnud tatarlased ka isehakanu. Järgmise aasta märtsis puhkes Moskvas ülestõus poolakate vastu. Võitluseks poolakatega loodi 1611. aastal esimene maakaitsevägi ja pärast selle lagunemist (1612) teine. Viimane vabastas 1612. aastal Kuzma Minini ja Dmitri Požarski juhtimisel Moskva. 1613. aasta jaanuari algul kogunes Maakogu ja valis Vene tsaariks vanasse bojaarisuguvõsasse kuuluva Mihhail Romanovi. Ees seisis normaalse vahekorra loomine naaberriikidega. Suhetes Rootsiga oli probleemiks see, et maakaitseväejuhid olid lubanud valida Vene troonile mõne Rootsi printsi. Mihhail Romanovi kasuks langetatud otsus lõpetaski koostöö ning Rootsi ja Venemaa vahel puhkes sõjategevus. Võimu säilitamine Novgorodis tundus lootusetu ning kuningas Gustav II Adolf üritas vallutada Pihkvat. Selle piiramine aga ebaõnnestus ning 1617. aastal sõlmitud Stolbovo rahuga tagastas Rootsi Venemaale segaduste ajal haaratud maad, kaasa arvatud Novgorodi, kuid sai endale Ingerimaa.

Kõige vahepeal võidetu kaotsiminekuga ei tahtnud esialgu leppida ka Poola-Leedu riik. Aastatel 1617-1618 tehti veel üks katse Moskva vallutamiseks, kuid pärast selle ebaõnnestumist sõlmiti Moskva lähedal Deulino külas vaherahu, millega Venemaa loovutas Smolenski, Tšernigovi ja teisi alasid. Tähtis oli aga hingetõmbeaja saabumine pärast aastakümneid kestnud sise- ja välisvõitlusi.

Mihhail Romanovi valimine Vene troonile tähendas segaduste aja lõppu ja varem välja kujunenud tsaarivõimu taastamist. Sellega seoses tugevnes taas keskvõim. Ametlikult oli riigi kõrgeim võimuorgan nagu varemgi bojaaride duuma, kus kõige mõjukama osa moodustasid tsaari sugulased ja lähikondlased. Enamik mehi kuulus duumasse ainult tänu päritolule. Tsaar kutsus duuma kokku oma äranägemisel vaieldavate küsimuste otsustamiseks, eelkõige nõu saamiseks välis- ja sõjaväeasjades. 17. sajandiks oli vana bojaaride duuma muutunud väheefektiivseks ega sobinud enam suurriigi valitsemiseks.

Riigi administratiivaparaadi põhiosa moodustasid 16. sajandil tekkinud prikaasid. Romanovite valitsemisaja alguses oli neid 22, aga vastavalt vajadustele loodi prikaase juurde, nii et 17. sajandi keskpaigaks ulatus nende arv juba üle 40. Seejuures puudus prikaaside asutamisel kindel süsteem. Enamik neist oli loodud eri valitsemisharude järgi, teise osa moodustasid territoriaalsed prikaasid, kolmandad olid ellu kutsutud mõne kitsama ülesande lahendamiseks, mõnikord ka ajutiselt. Segadust suurendas asjaolu, et nii mõnegi valitsemisharuga tegeles mitu prikaasi.

Seoses prikaaside tegevusega kujunes ametnikkond, kelle hulgas tähtsaimad olid djakid, kes pärinesid tavaliselt aadlike seast. Alamad ametnikud olid teistest seisustest mehed, kel oli olnud võimalus omandada minimaalne haridus. Kohaliku halduse tsentraliseerimiseks loodi vojevoodkonnad, mis moodustati selleks välja valitud linnast koos maakonnaga. Vojevoodkonna eesotsas seisis keskvõimu seatud vojevood.

Maakogud

Maakogu kui seisuslik esindus tekkis Venemaal juba 16. sajandil. Esimene esinduskogu kutsuti kokku 1547. aastal seoses Moskva ülestõusuga, et rahustada rahvast. Järgnevatel Maakogudel arutati juba mõne reformi läbiviimist. Isevalitsuse ideest haaratud Ivan IV suhtus eitavalt seisuste esindusse (mille olemasolust Inglismaal ta oli teadlik) ning oli selle vastu, et esinduskogus osaleksid linnade esindajad kas või kaupmeeste ladviku näol. Ta oli siiski sunnitud Maakogu aktsepteerima, kuigi seda võis pidada opositsiooni organiks. Pärast Ivan IV surma läks Maakogu kompetentsi ka tsaari ametisse kinnitamine, vajaduse korral valimine. Nii nimetas Maakogu 1584. aastal ametisse Ivan IV poja Fjodori, 1598. aastal Boriss Godunovi, 1613 aga valis tsaariks Mihhail Romanovi.

Romanovite dünastia esimesel aastakümnel käis Maakogu tihti koos, käsitledes eeskätt välispoliitikat. Seisusliku esinduskogu olemasolus võis näha teatud suunda  parlamentarismi poole, sellele arengule töötas aga vastu tsaarivõimu püüe tugevdada absolutismi.

Eriti tähtsaid otsuseid langetas 1648-1649 aastate Maakogu, mis kogunes paljusid linnu haaranud ülestõusu tõttu. 1649. a võttis see kogu vastu „Maakogu seadustiku“, mis tegi järeleandmisi eeskätt aadlikele. Laiendati teenistusaadli maavaldust ja kinnitati selle päritavus tingimusel, et pärandub ka riigiteenistuse kohustus. Seadustik vormistas lõplikult talupoegade pärisorjuse ja sellegi seisundi päritavuse. Talupojad, samuti nende vallasvara, muutusid mõisahärra omandiks. Pärisorjusega kaasnes sunnismaisus, millega seoses keelati pagenud talupoegade varjamine. Jäi üle põgeneda kusagile ääremaale, näiteks Doni kasakate juurde. Sunnismaisus laienes ka possaadide elanikele. Pärast 1653. aastat Maakogu enam kokku ei kutsutud, seda asendasid nõupidamised üksikute seisuste (aadel, possaadiinimesed) kaupa.